Zanik środowisk i Różne zagrożenia
W mrocznych, niosących zamulone wody rzekach żyje wiele zagrożonych wyginięciem gatunków ryb. Należą do nich na przykład jesiotr zachodni (Acipenser sturio), który był dawniej spotykany w całej Europie i nibypłatonos (Pseudoscaphirhyn-chus fedtschenkoi) z Kazachstanu. W Ameryce Północnej gatunkiem bardzo zagrożonym jest ło-patonos (Scaphirhynchus platorynchus) i blisko z nim spokrewniony wiosłonos (Polyodon spa-thula) z Missisipi. Populacja wiosłonosa została zagrożona, gdyż większa część delty Missisipi uległa zniszczeniu wskutek naturalnych procesów zamulania, a także osuszania lub zanieczyszczenia wód przez człowieka. Przegradzanie rzek zaporami i budowa sztucznych jezior to kolejne niebezpieczeństwo dla egzystencji licznych gatunków ryb rzecznych. Na przy kład zapora na Wiśle we Włocławku uniemożliwia migracje na tarło łososiom i trociom oraz stoi na przeszkodzie wędrówkom węgorzy i cert. Wydaje się, że podstawowym warunkiem uzyskania zezwolenia na budowę tam na rzekach musi być zobowiązanie się inwestora do budowania przy zaporach tzw. przepławek, które pozwalają rybom kontynuować wędrówkę w górę rzek. Niestety nie we wszystkich krajach przy regulacji rzek bierze się pod uwagę ochronę ryb. Do gatunków zagrożonych wyginięciem w USA należą ryby jaskiniowe (Aniblyopsis rosae), żyjące w jaskiniach wapiennych w stanach Arkansas, Missouri i Oklahoma. Rybom tym zagrażają przesiąkające do wód podziemnych zanieczyszczenia chemiczne z pól.