Jeden z czynników prowadzących do zagrożenia
W celu ochrony łososia atlantyckiego (Salmo salar) przeprowadza się wiele badań. Gatunek ten odbywa tarło w około 2000 rzek po obu stronach Atlantyku, jednak w niektórych rzekach, na przykład Connecticut, Tamiza i Ren, przepływających przez tereny mocno zaludnione, już się nie rozmnaża. Stało się tak głównie wskutek zanieczyszczania wód ściekami komunalnymi i przemysłowymi oraz regulacji koryta rzecznego.
Ryby nadal wpływają do tych rzek, lecz nie mogą odnaleźć tam odpowiedniego miejsca na tarło. Przyczyną wyginięcia łososi w co najmniej 25 rzekach w Norwegii były kwaśne deszcze. Oczyszczenie wód głównych rzek w Anglii, takich jak Tamiza i Clyde, w ciągu ostatnich kilku dziesięcioleci spowodowało powrót niektórych gatunków, wśród nich i łososia. Jednak nie występuje on już w tak wielkiej ilości, jak dawniej. Zanieczyszczenie wód miało bardzo znaczący wpływ na występowanie i liczebność ryb, zarówno gatunków słodko wodnych, jak i żyjących u wybrzeży morskich. Zanieczyszczenie może być jednym z czynników zagrożeń prowadzących do wyginięcia niektórych gatunków.